האגודה פועלת לשימור וטיפוח מורשת יהודי תימן. מרכז האגודה נמצא בנתניה ולה סניפים בכל הארץ. במרכז ישנו מוזיאון פעיל המציג את ההיסטוריה ואת תרבותם העשירהשל יהודי תימן. האגודה מקיימת פעילויות חינוך ותרבות בכל רחבי הארץ בהשתתפות קהלים מציבורים שונים. בשנים האחרונות האגודה מסייעת לקליטת העלייה החדשה מתימן
האגודה הקימה את מכון המש"י - הנצחת מורשת שבטי ישראל אשר נוסד על מנת לשמש מסגרת לאנשי המחקר העוסקים בחקר יהודי תימן. המכון מקיים קונגרסים, סמינרים וימי עיון ביוזמת מכון המש"י. למכון כתב עת מחקרי - תימא בעריכת פרופסור יוסף טובי מאוניברסיטת חיפה. כתב עת זה הוא כתב העת המרכזי לחקר יהודי תימן.
כתב העת "תהודה" נוסד על ידי עובדיה בן שלום ז"ל, והוא יוצא לאור אחת לשנה ומתפרסמים בו מאמרים אקדמיים בנושא יהדות תימן הנכתבים בידי חוקרים מהארץ ומהעולם, בצד מאמרים מקרב הציבור הרחב המתעניינים ביהדות תימן ובתרבותה.
האגודה פעלה להקמת "יער יהודי תימן" בפרוזדור ירושלים, ופועלת כיום על מנת להקים שם יד ליהודי תימן שלא זכו להגיע לארץ ישראל.