ישיבת עתניאל התאפיינה תמיד ברב-גוניות: באופי התלמידים, אופי הרמי"ם ובסגנון התורות הממלאות את אויר בית המדרש. הדבר מתבטא קודם כל בכך שלעתניאל שני ראשי ישיבה שונים באופיים - הרב בני קלמנזון והרב רא"ם הכהן.
מטבע הדברים, קשה להגדיר מוסד חי ורוחני במילים וכותרות, אך ניתן לומר כי הנושאים הבאים נמצאים בלבו ובדרכו של בית המדרש בעתניאל:
היחס אל הפרט - על כשרונותיו ושאיפותיו - אל מול החברה וצרכיה: מקומו של היחיד אל מול הכלל
לתורה אינספור פנים. כל אדם הוא אות בספר התורה, ועליו החובה לגלות אותה, לכתוב את האות הייחודית לו. תפקידה של הישיבה הוא לעזור לתלמיד ולתת לו את הכלים לשם כך. לימוד הנובע מהכרה כזו הוא לימוד דינאמי מכיוון שהוא מכיר בצרכים האישיים השונים של כל לומד. היכולת של כל אדם למצוא את אותה האות המיוחדת לו בתורה, ולהפוך הבנות סובייקטיביות לחלק אינטגרלי מחיי היומיום - מביאה לחיבור עמוק שלו אל הלימוד. ישנה בישיבה השתדלות גדולה שעבודת ה' הפרטית תהיה חלק מעבודת ה' הכללית. עבודת ה' הכללית - אל לה לפגוע בהתמודדות האינדיבידואלית של היחיד; ועל העבודה האינדיבידואלית של היחיד להיות חלק אינטגרלי