המוזיאון התבסס תחילה על אוספיו של וילפריד ישראל, בנו של סוחר יהודי אמיד ממוצא גרמני ונינו של מי שהיה הרב הראשי באנגליה. בתקופה הסוערת של עליית הנאציזם, קשר וילפריד קשרים חזקים עם חברי תנועת ה"ורקלוייטה" ("אנשי המעשה"], אשר ייסדו בהמשך את קיבוץ הזורע. בעוד וילפריד מתגייס בתקופת המלחמה למען הוצאת יהודים מאירופה ומצליח להציל את חייהם של עשרות אלפי יהודים, הוא משלם בחייו שלו: באחת משליחויותיו, ב-1943 מופל מטוסו ע"י הצבא הגרמני. בצוואתו הוריש לחבריו בקיבוץ את אוספיו.
המוזאון שנבנה לקלוט את האוספים, תוכנן באמצע שנות הארבעים ע"י האדריכלים מוניו גיתאי וינראוב ואל מנספלד, שהיו למעשה אחראים לתכנון כל הגרעין המרכזי של הקיבוץ, יחד עם פיתוח הנוף והסביבה. עבודתם המשותפת בכל אזור הצפון ובעיקר בקיבוצים, שילבה חשיבה אידיאולוגית חברתית עם הצורך לתת פתרונות פונקציונאליים באמצעים מינימליסטיים. התכנון תאם את הגישה המודרניסטית הארץ ישראלית באותה עת. הפרטים בעבודתו של וינראוב פשוטים ומפורטים ובמוזיאון וילפריד ישראל הם מתפקדים עד היום.
מאז 1951 המוזאון מציג את אוספיו של וילפריד, שהלכו והתרחבו במהלך השנים, לצד פעילות מוזיאלית מגוונת. אחת ההרחבות היא התווספות של אוסף ארכיאולוגיה מקומית שנחפר ונחקר על ידי חבר הקבוץ עזרא מיירהוף.
במקביל לתצוגות מתקיימת פעילות חינוכית רחבה לילדים ולמבוגרים, הכוללת הדרכה בתערוכות הקבועות והמתחלפות, שיח גלריה עם אמנים מציגים, חוגים והפעלות בסדנת היצירה שבמוזיאון.