המרכז מעודד קהילות מפולגות לפעול יד ביד להשגת מטרותיהן המשותפות, וזאת באמצעות תהליכים של אינטראקציה, תמיכה והעצמה. במסגרת זו מוביל הסמינר פרויקטים בין-קהילתיים, מקיים הכשרות ופעילויות נוספות לבניית יכולות, מעביר סמינרים וסדנאות, מקיים כנסים לפיתוח רעיונות קונקרטיים המטפחים שינוי, ומוציא רעיונות אלה מן הכוח אל הפועל. מרכז גבעת חביבה הוא ארגון מוביל בתחומו, וזכה בפרס אונסק"ו לחינוך ולשלום, הוקרה על פעילותו רבת השנים לקידום דו-שיח ופיוס יהודי-ערבי.