מוזיאון מגדל דוד מציע למגוון רחב של קהלים את האפשרות ללמוד ולהכיר את סיפורה של העיר ירושלים דרך תערוכות ופעילויות חינוכיות ואירועי תרבות. המוזיאון מחויב להושיט יד לקהלים שאינם נמנים באופן מסורתי על קהל מבקריו וזאת על ידי פיתוח תכניות ייעודיות המותאמות לצרכים של אוכלוסיות שונות. המוזיאון מפתח תכניות מיוחדות לילדי בתי-ספר עם צרכים מיוחדים, לבני נוער במצוקה, לעולים חדשים ולאוכלוסיות פריפריה, אשר זוכות להיחשף למוזיאון מגדל דוד ולסיפור תולדות ירושלים. תכנית מיוחדת לחיילי צה"ל למשל, מציגה בפניהם את ההיסטוריה והתרבות של העיר ושל תושביה.
אחת ממטרות המוזיאון היא לתת מענה לצרכים השונים של קהילות שונות והוא פועל לגיבוש תכניות פרטניות עם אוכלוסיות היעד עצמן. כך לדוגמא, מוצעות תכניות לקבוצות של תלמידים מהמגזר החרדי ותכניות לתלמידים ומבוגרים ערבים.