המוזאון מציג פרקים מתולדות יהודי בבל לדורותיהם במשך למעלה מ-2600 שנה.
האגף ההיסטורי מספר את תולדותיה של יהדות בבל; האגף האתנוגרפי מציג את אורח חייהם של היהודים, המנהגים, ההווי והתרבות החומרית, והגלריה לאמנות פלסטית, מציגה תערוכות מתחלפות המתכתבות עם המורשת והתרבות של יהודי בבל.
מבנה המוזאון עוצב סביב מוטיב הבית היהודי המסורתי בעיראק, כשבליבו החצר הפנימית, כמו כן שוחזרו סמטה ברובע היהודי ובית הכנסת הגדול בבגדאד.
באמצעות תערוכות הקבע, מוצגת תרומתן של ההנהגה הרוחנית של הישיבות הגדולות וההנהגה הגשמית של ראשות הגולה לקיומו של העם היהודי, כמו גם יחסי הקהילה עם השלטון והחברה הסובבת בתקופות השונות. התערוכות במוזאון מפנות זרקור לעבר הקהילות השונות המרכיבות את יהדות בבל ולתמורות שחלו בהן במאות השנים האחרונות, כמו גם לעבר המוסדות העצמאיים שהקימו.
במוזאון תערוכות מיוחדות המוקדשות למאורעות המרכזיים בחייהם של יהודי עיראק במאה ה-20: הפרהוד (פרעות חג השבועות 1941), הקמת התנועה הציונית בגלוי ובמחתרת, העלייה ההמונית וההשתלבות במדינת ישראל.
אירועים
ניתן לקיים במוזאון אירועים פרטיים כגון: ימי גיבוש, פגישות מחזור, כנסים עסקיים, בר/בת מצווה, חגיגות גיל גבורות, ימי הולדת, מפגשי שורשים, אזכרות ועוד. במתחם קיים אודיטוריום מפואר המכיל מאה ושישים מקומות ישיבה, במה מרכזית, מערכת הגברה וציוד להקרנת מצגות. צוות המוזאון עומד לרשותכם וישמח לסייע בתכנון, ייעוץ ובניית האירוע, תוך התאמה אישית לצרכי המזמין ותקציבו.
הרצאות וימי עיון
המרכז מקיים הרצאות, ימי עיון וכנסים בכל ימות השנה בנושאים שונים מההיסטוריה והתרבות של יהודי בבל.
ספריה
הספריה אוצרת בקרבה אוסף גדול ויחודי העוסק בהיסטוריה ובתרבות של יהודי בבל מההגליות הראשונות ועד ימינו. האוסף מחולק לאוספי משנה של ספרים וכתבי עת, ספרי מחקר ותיעוד, רומנים, תעודות ומסמכים, תמונות, תיעוד בעל-פה, מוזיקה, סרטים וארכיונים אישיים וציבוריים.
מחלקת אוצרות
מחלקת האוצרות של מרכז מורשת יהדות בבל שוקדת על הקמתן של התערוכות המוצגות במוזאון. ברשותו של מוזאון יהדות בבל אוסף עשיר של חפצי יודאיקה, אתנוגרפיה ואמנות כמו גם מסמכים ותצלומים מקוריים, שנתרמו או הושאלו במהלך השנים.

מכון מחקר
המכון עוסק בחקר ההיסטוריה והתרבות של יהודי בבל. הוא מספק מידע מחקרי לתערוכות המוזאון, מסייע לחוקרים, מוציא לאור ספרי מחקר ואת כתב העת ”נהרדעא“ בעברית ובאנגלית. כמו כן הוא מקיים קשרים עם מוסדות מחקר וחוקרים בכל רחבי העולם.
החנות
בחנות המוזאון ניתן לרכוש מגוון רחב של ספרים, קלטות ודיסקים העוסקים בהיסטוריה, בתרבות ובפולקלור של יהודי בבל. הספרים מציעים אוצר בלום של ידע והנאה אשר יפתחו בפניכם צוהר לעולם עשיר ומעניין. כמו כן החנות מציעה מגוון פריטים פרי יצירתם של מעצבים ואמנים שיוצרים בסגנונם הייחודי של יהודי בבל, ביניהם תכשיטים, חנוכיות, כוסות קידוש, כרטיסי ברכה, קמעות ועוד. המוצרים ניתנים לרכישה גם דרך האתר.
מתנדבים
המרכז נעזר במתנדבים מסורים, אשר ממלאים חלק בלתי נפרד מפעילות המרכז והמוזאון. הם תורמים מזמנם וממיומנויותיהם במגוון של תפקידים בכל המחלקות.
תרומות
הקמתם ותפעולם של המרכז והמוזאון לא היו מתאפשרים ללא תמיכתם הנדיבה של תורמים מישראל ומרחבי העולם. אנו מודים לכל התורמים שלנו על הזדהותם עם מטרות המרכז ותמיכתם. המרכז מציע לתורמים אפשרויות רבות להנצחה.