המוזיאון הוקם ב-1990 מתוך מחויבות להנחיל לדורות הבאים את מורשתה ההיסטורית והרוחנית של היהדות הדוברת הונגרית – יהודי הונגריה וסביבתה: טרנסילבניה, סלובקיה, קרפטורוס, באצ'קה באנאט ובורגנלנד. קהילות יהודיות משגשגות במרכז אירופה שימרו את אורח חייהן במשך מאות שנים והיוו קרקע פוריה להתפתחותה של מחשבת ישראל ושל התנועות הציונות כאחד. הוגי דעות ורבנים, יוצרים ואנשי רוח, מדענים וחוקרים צמחו בקרבם, ובזכותם רכשה יהדות הונגריה את הערכתם של עמים אחרים ושל היהדות העולמית. אך השואה קטעה באחת את המעיינות היצירתיים ואת חייהם של 600,000 מבני הקהילה. מטרת המוזיאון להנציח את זכרם של הנספים ולהציל משכחה את החותם אשר השאירה קהילה זו על החברה ההונגרית, על התרבות האירופית ועל ההיסטוריה היהודית.
המוזיאון מציג למבקר חוויה מרגשת וייחודית אודות חייהן של קהילות היהדות הדוברת הונגרית על גווניה, הישגיה, קהילותיה וכמובן גם אודות תקופת השואה. המוזיאון משמש מקום עלייה לרגל של מבקרים מהארץ ומן העולם ויש בו ארכיון עשיר ומקיף אודות משפחות, בתי עלמין, בתי כנסת וספרייה יחידה במינה העוסקת בהיבטים השונים של הקהילה.