בעוד מרכזי הסיוע פועלים ברמה הפרטנית בהענקת סיוע נפשי וליווי לנפגעות ונפגעי תקיפה מינית, וברמה המקומית בנושאי חינוך הסברה וחיזוק הקשר עם הקהילה, פועל האיגוד ברמה הארצית כסוכנות לשינוי חברתי, למען השגת זכויות ושיפור השירותים הניתנים לנפגעות ונפגעי תקיפה מינית, להפחתת שיעור התופעה ובטווח הארוך למיגורה ומחיקתה מהנוף החברתי הישראלי. על-אף היות האלימות המינית תופעה רווחת בחברות מפותחות, היא נתפסת רק לעתים רחוקות כהפרה בוטה של זכויות אדם, המערערת את אשיות החברה הדמוקרטית. איגוד מרכזי הסיוע פועל בגישה רב תחומית על מנת למגר את התופעה המושרשת וההרסנית של אלימות מינית.  פעילות האיגוד כוללת שדולה לקידום יוזמות חקיקה, שימוש באמצעי התקשורת להעלאת המודעות, פרסום הדוח השנתי של מרכזי הסיוע, פיתוח ימי עיון ופעילויות חינוך והסברה, ייצוג בועדות פרלמנטריות ובוועדה המייעצת של הרשות לקידום מעמד האישה בישראל, חברות בקואליציות ועבודה משותפת עם ארגוני נשים בארץ ובחו"ל. בשנים האחרונות השיג האיגוד הישגים רבים בתחום החקיקה, שיפור השירותים הניתנים לנפגעות ונפגעים ובהגברת מודעות לגורמים ומניעה של תקיפה מינית.