מכון הערבה פועל במספר מישורים למען פיתוח מנהיגות סביבתית ויצירת שיתוף פעולה איזורי:
• תוכניות לימוד - מכון הערבה מוביל גישה ייחודית ללימוד האתגרים הסביבתיים במזרח התיכון, מנקודת מבט חוצת גבולות ובינתחומית. התכנית מהווה הזדמנות ייחודית עבור סטודנטים ישראלים, ירדנים, פלשתינאים וסטודנטים מרחבי העולם ללמוד ולחיות יחד. כחלק מהתכנית מתקיים סמינר בתחום כישורי מנהיגות והשכנת שלום, המעניק כלים להתמודדות מול האתגרים במזרח התיכון והקשר בנינו ובין העולם.
• תוכניות מחקר - מכון הערבה מפעיל תכניות מחקר משותפות לחוקרים ממדינות האזור, בתחומי אנרגיה מתחדשת, חקלאות בת קיימא, ניהול משאבי מים ואקולוגיה. נושאי המחקר כוללים בין היתר: עתיד אגן ים המלח, שיקום נחלים, איכות אוויר, אנרגיה סולארית ופיתוחים חקלאיים המותאמים לאזורים צחיחים.
• רשת בוגרים - בוגרי המכון מרחבי העולם, בניהם ישראלים, ירדנים ופלשתינאים מנהלים רשת תמיכה, בה הם קושרים קשרי עבודה ומחקר ומוצאים פרטנרים לשיתוף פעולה במזרח התיכון וברחבי העולם.
• תוכניות המשך – מכון הערבה מקדם תכניות חינוכיות וחברתיות חוצות גבולות אשר נוסדו על ידי בוגרי המכון.