מטרות העמותה:
א. לקדם את לימודי יפן כתחום מחקר מדעי.

ב. לקדם את הוראת לימודי יפן והשפה היפנית בישראל.

ג. לעודד מחקר ודיון בלימודי יפן בישראל.

ד. להוות אמצעי לחיזוק המעמד הבינלאומי של לימודי יפן בישראל.

ה. לייצג את התחום בארגונים מקצועיים בינלאומיים ואחרים.

ו. לקשר בין המסגרת האקדמית של לימודי יפן וארגונים אחרים בעלי עניין, כגון אגודת הידידות ולשכת המסחר.

ז. להגן על החופש האקדמי וחופש המחקר של חברי האגודה בארץ ומחוצה לה.